R语言教程
-
R语言实现PCA主成分分析图的示例代码
主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）是一种无监督的数据降维方法，通过主成分分析可以尽可能保留下具备区分性的低维数据特征。主成分分析图能帮助我们直观地感受样本在降维后空间中的分簇和聚合情况，这在一定程...
-
基于R语言 数据检验详解
1. W检验（Shapiro–Wilk (夏皮罗–威克尔 ) W统计量检验)目标：检验数据是否符合某正态分布，如：标准正态分布N(0,1)
R函数：shapiro.test().
结果含义：当p值小于某个显著性水平α(比如0.05)时，则认为样本不是来... -
R语言绘制Bubble Matrix气泡矩阵图
最近小仙同学刚经历了人生中的一个重要的里程碑——延毕。在预料之中、又如期而至的两个字，小仙心里也是很复杂，可终究跟“毕业”二字沾了边，就当它是好事啦！今天要给大家介绍的是气泡矩阵图，要模仿的...
R语言绘制Radar chart雷达图示例教程
对于导出带有透明度的高清图，小仙又发现了更懒的办法，特来更新再Rstudio里调整好透明度之后，直接导出pdf，然后用Adobe illustrator打开pdf文件，直接导出png或jpeg就可以啦更新前原文今天小仙同学给大家分享下Radar chart的...
R语言UpSet包实现集合可视化示例
h5只是一种简单的数据组织格式【层级数据存储格式(HierarchicalDataFormat：HDF)】，该格式被设计用以存储和组织大量数据。在一些单细胞文献中，作者通常会将分析的数据上传到GEO数据库保存为.h5格式文件，而不是我们常见的...
R语言R包ggtreeExtra绘制进化树
ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了，ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。为了扩展ggtree在点和布局中的系统发育树的外环上呈现相关数据，开发的ggtreeExtra包提供了一个函数，geom_fruit用于...
R语言UpSet包实现集合可视化示例详解
介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，当多集合的韦恩图不容易看的时候，就是它大展身手的时候了。一、R包及数据#安装及加载R包#install.packages("UpSetR")library(UpSetR) #载入数据集data <- read.csv("upSet.csv",h...
-
R语言批量读取某路径下文件内容的方法
R刚入门的时候，能够正确读取单个文件就觉得小有成就，随着时间的积累，单一文件地读取已经不能满足需求了，此时，批量地做就是解放双手地过程。使用for循环把下载地TCGA数据读入R语言并转换成数据框使用三个for循环来完成，这是...
-
R语言学习之火山图的绘制详解
火山图用于展示基因表达差异的分布，横轴为Log2 Fold Change，越偏离中心差异倍数越大；纵轴为(-1)*Log10 P_adjust，值越大差异越显著。一般横轴越偏离中心的点其纵轴值也会比较大，因此呈现火山喷发的形状。一步绘制火山图输...
-
R语言向量下标和子集的使用
1.正整数下标首先定义一个x，然后对向量 x, 在后面加方括号和下标可以访问向量的元素和子集，如： 定义一个x：x <- c(1, 4, 6.25)x返回：我们取出第二个元素：x[2]返回：我们再修改第二个元素为 99 ：x[2] <- 99; x返回：我们再取下第...
R语言绘制Facet violin plot小提琴刻面图实现示例
R语言绘制Facet violin plot小提琴刻面图实现示例，准备好要作图的csv文件。数据的格式如下图：列表示一种变量(特征)，第一行是列名a1~a9表示9种基因，TypeA~TypeC表示三种不同的细胞...
R语言实现计算和绘制ROC曲线图效果
pROC是一个专门用来计算和绘制ROC曲线的R包，目前已被CRAN收录，因此安装也非常简单，同时该包也兼容ggplot2函数绘图，本次就教大家怎么用pROC来快速画出ROC图。在医学领域主要用于...
R语言数据可视化绘制带误差线的条形图
条形统计图是用一个单位长度表示一定的数量,根据数量的多少画成长短不同的直条.带误差的条形图可以通过误差线来判断显著性。...
R语言ggplot2拼图包patchwork的安装使用方法
patchwork是基于ggplot2的拼图包，因为ggplot2本身没有强大的拼图语法，而一般使用的gridExtra与cowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。我关注这个包蛮久了，现在Github上的Star...
R语言数据可视化绘图Dot plot（点图）的画法
今天要给大家介绍的是点图（Dot plot)，点图展示的数据比较简单，但胜在好看啊。首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。...
